免疫缺陷病可以分为两大类，即原发性的免疫缺陷病和继发性的免疫缺陷病。
原发性的免疫缺陷病又称为先天性免疫缺陷病，与遗传有关，多发生在婴幼儿期，如选择性的IgA缺乏症、DiGeorge综合征、ZAP-70缺陷、X连锁淋巴增殖综合征、慢性皮肤黏膜念珠菌病、严重联合免疫缺陷以及慢性肉芽肿病等等。
继发性的免疫缺陷病又称为获得性免疫缺陷病，可以发生在任何年龄，病因包括全身性疾病，比如糖尿病、营养不良和艾滋病病毒感染。免疫抑制的治疗，比如细胞毒性的化疗、移植前的骨髓清除以及放射治疗，还有长期罹患某种慢性疾病，都有可能导致继发性的免疫缺陷病。
在临床诊断方面，需要结合手工的白细胞分类、免疫球蛋白水平的定量检测、抗体的滴度检查、血细胞计数等等，来进行综合的判断。
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