先天性免疫缺陷的确诊，需要结合临床表现、病史、体格检查以及免疫功能检查等等一些具体的结果来综合地判断。
临床表现又极其复杂，但是存在一些共同的特征，比如反复感染、容易罹患肿瘤或者是自身免疫性疾病。
在病史方面要判断是否有感染的危险因素，或者既往出现过继发性免疫缺陷的疾病，而家族史尤为重要。
在体格检查方面包括皮疹、疱疹、脓疱病、湿疹、瘀斑、脱发或者是毛细血管扩张等等，可以作为体格检查，在体格检查里面作为注意事项，用于辅助判断。
实验室检查方面包括手工的白细胞分类、免疫球蛋白水平的定量检测、抗体的滴度检查、血细胞计数等等检查。如果出现免疫系统的损伤，病原体抗体检查阳性，血常规检查白细胞计数升高，免疫基因检测阳性，则可以帮助诊断是先天性的免疫缺陷。
免疫缺陷病大体可分为原发性的免疫缺陷和继发性的免疫缺陷。原发性的免疫缺陷，基本上属于遗传基因有关的；而继发性的免疫缺陷，又称为获得性的免疫缺陷，可以发生在任何年龄，一般与感染和原发性的免疫相关的疾病有关。
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