目前认为免疫性不孕的原因有如下几种：
第一，同种免疫，指的是男方的精子精液作为抗原物质，在被阴道及子宫内膜上皮吸附之后，经过免疫反应系统在女方体内产生同种的抗精子抗体，使精子凝集或者使精子失去活动力，而影响精卵的结合或结合的效率，或者受精卵的着床也会受到影响，从而导致不孕。
此外，如人类白细胞抗原hla等，由于女方对丈夫的精液组织这种相容性抗原的免疫性排斥，也可能会导致不孕。
其次，就是局部的免疫。当女性生殖道黏膜炎症还有破损的时候，精子和精液当中的抗原物质会引起女性的同种免疫反应，宫颈上皮细胞产生致敏的分泌型的免疫球蛋白A或免疫球蛋白G，与精子结合后被附在精子的表面，使精子制动，难以进入宫腔。而免疫球蛋白G又可以引起补体的固定作用，发挥直接的细胞毒作用，使精子发生凝集，也可以抑制精子顶体的活性，使精子不易穿透包绕卵细胞的卵丘、放射冠以及透明带，阻碍精子与卵子的融合，甚至导致胚胎死亡，导致不孕不育。
另外，还有自身免疫，指的是不孕的妇女的血清当中存在透明带的自身抗体，与透明带起反应，可以阻止精子穿卵细胞，阻止受精。抗心磷脂抗体又可以引起种植部位的小血管血栓形成，导致胚胎的种植失败。
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