帕金森综合征损伤的部位，有可能是大脑各个部位的运动系统，比如胼胝体、黑质纹状体，或者是其他大脑的皮层各方面的功能出现了损害之后，继发的神经元的退行性病变，而出现了帕金森病所共同有出现的震颤、运动功能障碍、麻痹的表现。
帕金森病发生的损伤，主要是有一定的遗传、基因变异和神经退化的因素，所以损伤的部位的定位是不明确的，这样就可以跟帕金森综合征的损伤病理有一定明确的鉴别。虽然两者治疗的手段从临床上来说是有相类似的应用，但是从病理发病的部位来说，两者因为原因的不同或者是因素的叠加，帕金森综合征损伤的部位有可能除了黑质纹状体之外，还伴随着更多的大脑皮层广泛性损伤的可能。
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