益生菌在对肠道有作用的同时，其实对胃还是有一定的好处。因为益生菌也在一定程度上，通过直接或者间接方法改善胃里面的微生态，从而缓解消化不良的症状。有研究表明，有些益生菌能够抗衡幽门螺杆菌的破坏性，从而改善它导致消化不良的程度。所以，益生菌用下去，对胃也确实会有改善的作用，这在临床上也是很常见的。
医学上一般比较少用慢性结肠炎的概念，一般会用肠道慢性炎症或者用结肠炎概念来描述它，结肠炎的患者往往也会合并消化不良。消化不良的病因最常见的还是幽门螺杆菌的感染，幽门螺杆菌的感染会导致胃肠胀气。
无论是否有幽门螺杆菌的感染，对于肠道慢性炎症的患者，都有使用益生菌的适应证。使用益生菌之后，这些肠道菌群会得到改变，主要表现为有害菌的减少，有益菌的增多，这种情况就可以让胃肠道产生的气体减少，从而缓解胃肠胀气。
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