急性肠胃炎首先要区分是否需要抗生素治疗，如果是非感染性疾病引起的腹泻、腹痛，是不需要使用抗生素。但对于病毒感染如诺如病毒引起的腹泻、腹痛，临床上为急性胃肠炎的表现，也不需要使用抗生素。
但对于感染性腹泻，需要根据患者的病史、临床表现、常规的血液分析、大便常规以及有条件的情况进行大便培养明确病因，如果确切是细菌性痢疾，可以使用抗生素如喹诺酮类的吡哌酸、左氧氟沙星、头孢类抗生素、中成药如黄莲素、小檗碱这类药物也可以食用。
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