肠道菌群检测的是一个比较复杂的，一种很多种的检查。
目前来说在临床上应用的比较多的，一个是这些基本的是大便的常规检查，里边有寄生虫有白细胞的检查，还有大便潜血的检查，能够初步的排除肠道，有没有一些炎症寄生虫的感染，或者有没有一些报警的症状，需要进一步检查的，还有针对这些经常腹泻的患者，我们还可以进行一些大便的真菌或者抗酸菌的检查，还有大便的培养这些都可以通过检大便来检查病源血。大便可以做一些基因的测序检查，来了解这个肠道的菌群谱，但是这些并未广泛的用于临床。
还有针对小肠方面的，可以做一些轻哭泣的检查，能够判断一下有没有小肠的细菌过度生长，同时也可以看一下有没有乳糖的不耐受等等。
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