在临床上，长期的胃食管反流、胃酸反流，有可能会造成食管癌。
胃食管反流病时间长以后，会形成食管炎、食管糜烂，特别是形成Barrett食管（巴雷特食管），这种病变是单层柱状上皮代替食管的复层鳞状上皮，这时有一定的比例会产生食管癌，也就是腺癌。
当然胃酸反流还可能会造成食管的改变以后，通过其他的途径产生恶变。
长期的胃食管反流是有造成食管癌的风险的，特别是引起食管的病变长期不愈就更有这种可能性，因此要加以防范。
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