过氧化苯甲酰是临床最常用的治疗痤疮的药物。从一期临床二期临床到三期临床，都是有详实的临床研究证据可以证明，过氧化苯甲酰对于痤疮的治疗效果。无论是最早的粉刺，还是中期的炎症性的丘疹和脓疱，它都有治疗作用。
过氧化苯甲酰在局部涂抹之后，会缓慢地释放一些氧气，这种氧气可以杀灭一些微生物，包括引起痤疮的痤疮丙酸杆菌。所以过氧化苯甲酰对于红色的痘痘，甚至痘痘上起脓疱的这种严重性的青春痘，是有杀灭局部细菌的作用的。
另外，过氧化苯甲酰还有剥脱毛囊口角质的作用，所以对于粉刺和局部的角化过度性的痤疮，过氧化苯甲酰仍然有治疗作用。
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