胶囊内镜跟肠镜检查，其实各有各的优势，主要看具体情况和检查目的。
胶囊内镜可以发现肠镜不能到达的小肠病变，检查过程也相对较舒适，接受度较高。不足的地方主要有费用较高，检查时间较长，移动速度和观察角度是不受控的，容易出现漏诊。发现病变不能活检或治疗，不适用于已有肠道狭窄或梗阻，有肠瘘和孕妇，婴幼儿有严重的吞咽困难都不适合。
结肠镜检查的好处是时间短，费用不高，如果担心检查有痛苦，可以选择无痛结肠镜检查。怀疑有结肠、直肠疾病，或者常规体检，仍然首选结肠镜检查，通过肠镜不但可清晰发现肠道的病变，还可以对病变部位进行治疗。
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