从之前的研究发现，肠道菌群是炎症性肠炎发病因素之一，肠道菌群平衡被打破以后， 可能会引起菌群直接作用于粘膜的表面，造成粘膜上皮细胞的损伤，造成炎症维持。第二，由于失衡的肠道炎症可以导致，机体免疫功能出现变化，菌群跟免疫系统的交互，交互系统，没有先天免疫。还有包括后天免疫，导致免疫功能出现变化以后，会造成黏膜上皮细胞的破坏，以及肠道屏障功能的改变，会造成炎症的发作甚至是维持，
总体来说，由于肠道菌群的变化，导致一系列的生理变化，有两份作用的方面，细菌直接作用。第二个导致机体免疫功能，最终导致肠道上皮的破坏，肠道黏膜屏障功能的下降。最终导致炎症性肠病的发生，维持以及发展。
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