目前炎症性肠病病因不清楚，治疗炎症性肠病只能是对症的治疗，不能达到对因的治疗、对症的治疗。目前的方案有内科和外科，内科治疗和最基础的就是氨基水杨酸类的药物，对于这个，轻型到中旬的溃疡性结肠炎，以及轻型克罗恩病是有效。
第二个就是糖皮质激素，糖皮质激素对于活动起的炎症性肠病，炎症的控制是有一定疗效的，但不能作为长期药物维持来运用，因为激素有很多的并发症，所以不能长期使用。第三就是免疫抑制药物，免疫抑制药物，最常用的包括硫唑嘌呤、6~巯嘌呤。还有就是甲氨喋呤等一些药物，这些药物可以在氨基水杨酸类效果不好，或者不能耐受的情况下，生物制剂，目前生物制剂也是发展很快，从单一的批准的奈克，包括阿达木，维多珠单抗等等。
生物制剂已经进入临床使用，这也是给广大患者带来福音，内科治疗不好的情况下，可以选择外科治疗，外科治疗可以进入结肠切除，肠道切除不是治愈性的切除，只是在炎症非常严重的情况下，一种解救的措施，最终还是要回到药物来维持，除了这些药物以外。还要注意，进行一般性的治疗，包括病人的饮食、病人的生活、生活习惯、生活节奏，都要达到一定的平衡，才会得到很好的治疗。
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