肠镜下炎症肠炎有相应的表现，比如肠镜下可以看到结肠，溃疡性结肠炎可以出现，糜烂、溃疡，粘膜大量拖脱、出血等等，比较特异性的改变，克罗恩病也可以出现糜烂、溃疡，还可以逐渐狭窄，包括穿孔、瘘管等形成。溃疡性结肠炎发病部位主要在结肠，而克罗恩病发病。
除了累及结肠以外，也可以累及小肠、上消化道，除了内镜学的检查以外，还要进行以下检查，包括小肠的CT以及小肠的核磁共振。除了这以外，最重要的还是要进行病理学的检查，在病理学检查方面，炎症性肠症没有很特意病理学，通常病理医生要通过综合的诊断，综合镜下的表现来进行诊断，诊断不是单纯内镜来达到的。
通过综合病人的临床症状，体格检查、内镜、影像，排出一系列的疾病，才能达到诊断，所以镜下表现不能单纯镜下表现，去评估病人是否属于炎症性肠炎，这不是严谨的过程。
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