关于肠道菌群失调恢复的时间，取决于不同的程度的肠道菌群失调。轻度的肠道菌群失调可以自愈，就是通过致机体的自修复过程，可以达到治愈的过程。过程通常需要三天，当然根据失调的不同，就是有哪一种细菌，失调的不同，时间会有长短上面的稍许差别，但是一般需要三天左右的时间。
如果是中度甚至重度的肠道菌群失调，需要恢复的时间会比较长，而且恢复的过程当中，治疗方法，肠道细菌恢复时间的重要的因素。如果是采取的是不干预的状态，机体自我恢复，是需要很长的时间。
如果是通过补充外源性的细菌来达到修复，可能时间又会稍微要短。但通过粪菌移植来达到，可能需要的时间就很短，可能仅仅需要一天，或者是两天、五天，但具体到肠道菌群失调需要多长的时间，没有标准的答案，在于失调的严重程度，第二就是干预方法。
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