对于肠道菌群失调的治疗有几种方案：如果是轻度的肠道菌群失调，完全可以通过机体来达到自修复的目的；如果是中度以上的肠道菌群失调，就要进行医学方面的干预，肠道菌群出现失调，就要重新把调回平衡的状态。
在调回平衡的状态当中，市场上目前有很多的商品，益生菌来达到目的，但是益生菌，通常都是数量是比较少，或者是单一品种的。在这种情况下数量又少，或者是单一品种，要达到调整肠道菌群的目的，相对来说是比较困难，而且要求的时间可能是比较长的，用量也是比较大的。
但是还有一种情况，就是进行粪菌的移植，取健康人的细菌，把大便里面的细菌，通过分离达到一种，无臭无害化的处理，可以移植到出现肠道菌群失调患者体内，重建肠道的菌群，以达到使患者的细菌，肠道的细菌和共体的细菌，达到一致或者相似。当然，每个人都有自己的菌群，肠道菌群，是像是指纹谱一样的，就是每个人的肠道菌群都是不同的，就算通过通过粪菌移植，在某时候能够达到给供体相似的肠道菌群。
但是由于的生活方式，还有的遗传因素，慢慢的肠道菌群，又会调回到正常情况下的，属于自己的肠道菌群的状态。所以粪菌移植是一种治疗的方式，但是不要害怕菌群会被全部消灭，只是在某疾病的状态下，让别人，就是供体来帮助对付疾病，在最终的情况下面，细菌还是会战胜供体的细菌。
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