检测肠道的菌群，通常是指大便的检测，但是在有一部分情况下，也是要进行胃液，以及进行小肠液的细菌的检测。跟大家来谈一下，就是对大便的检测方面，目前对肠道菌群的检测，通常是大便来作为标准的。在大便检查，大便菌群的检测里面，现在有几种方法：第一种就是培养。进行细菌的培养，培养通常是用于已知的细菌，对细菌研究比较多，是可培养、可及的，可以通过培养来发现。
第二种情况就是进行直接的染色图片，可以观察到，形态不同，染色不同的细菌，但是没有办法对细菌进行种属分类。目前科技，可以进行第三种，就是基因学的检查，对细菌基因学的检查，目前的检测情况下，可以达到总的水平，可以检测到某一种细菌，增多还是减少了。
还有一种就是进行全基因组的检测，不单只是可以对细菌，也可以对病毒，以及对真菌来进行检测，把整个肠道的微生态，都可以检测出来。但建议，目前的科技，还现实有限，所以对肠道的菌群，认识也不是百分之百。所以检测到，只是现在已知的细菌，在认识当中的，对有认识不到的细菌，可能随着科技的发展，慢慢的能够检测出来。
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