对于肠道菌群失衡，最直观的表现，可能就是所看到的腹泻，以及便秘这两种情况，但是远远不但于此。肠道菌群的失调，可以引起三大物质代谢的紊乱，糖代谢的紊乱；可以引起糖尿病，引起肥胖，纸质的代谢异常；可以引起冠心病，可以引起动脉粥样硬化，甚至血脂增高。也可以引起一系列的遗传性疾病，蛋白的代谢异常，有可能会出现低蛋白血症。
除了三大物质的代谢异常以外，肠粘膜完整性的缺失，可以导致一系列的全身的疾病，包括神经系统的改变，精神方面的变化，以及本身消化系统的改变。甚至是肿瘤的发生，都与菌群的失调有一定的关系。
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