室间隔缺损根据不同的位置和直径的大小有不同的预后。
室间隔缺损按照不同的位置可以分为：干下型室间隔缺损、膜周型室间隔缺损、肌部室间隔缺损和流入道室间隔缺损。肌部室间隔缺损和膜周部室间隔缺损自愈可能性比较大，干下型室间隔缺损基本上不能够自愈。
能否自愈跟室间隔缺损大小也密切相关。3毫米以下或3毫米以下缺损直径的室间隔缺损自愈可能性比较大；室间隔缺损直径超过3毫米，甚至超过5毫米的这类室间隔缺损一般不能够自愈的。
此外，能否自愈还跟年龄相关，绝大部分室间隔缺损在3岁以内自愈，超过3岁室间隔缺损自愈可能性会变得很小。
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