不同价数的疫苗主要区别在于预防的HPV病毒型别不同。
二价疫苗覆盖了HPV16和18这两种最常见的高危型病毒，主要预防宫颈癌；四价疫苗除了HPV16、18之外，还增加了对6和11这两种最常见的低危型病毒的保护作用，因此除了可以预防宫颈癌，还可以预防生殖器疣；九价疫苗在四价疫苗的基础上又增加了对HPV31/33/45/52/58这五种高危型病毒的保护作用，预防宫颈癌的作用进一步增强。
其次，适用人群和接种程序也略有差别。从适用人群方面，绝大多数的适用年龄为9-45岁，有个别疫苗的适用年龄为9-30岁。从接种程序方面，有些疫苗采用0-1-6接种程序，有些疫苗采用0-2-6接种程序。具体需要参照疫苗的说明书。
WHO指出，从预防宫颈癌的角度来看，上述三种疫苗都具有很好的保护作用。适龄女性可以根据接种点提供的疫苗品种以及个人的经济能力和接种意愿选择接种。
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