大概率情况下，囊肿不会影响甲状腺功能。
除非囊肿已经长到甲状腺双叶，多发的囊性结节较多，并且已经侵犯到正常的甲状腺滤泡细胞，导致它们弱化或边缘化，细胞明显萎缩之后，激素水平可能下降，可能导致甲状腺激素水平低，这种情况称为甲减。
另外，囊肿可能并发高功能的腺瘤，这种情况非常罕见，几乎不可能出现，但可能导致甲亢。
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