胃旁路术后会出现吻合口狭窄是因为，任何吻合口就像体表的伤疤一样，有一定愈合的过程，只是有的愈合过程比较顺利，没有炎症，而有的人是瘢痕体质或吻合口周围发生了炎症或感染，从而导致吻合口增厚，这时通常会出现吻合口狭窄。
如果只是短时间内的狭窄，叫水肿或生理性增生，通过保守治疗、药物、局部治疗，等炎症消退之后，狭窄就会得到有效的缓解。
还有一部分患者可能是因为体质问题或感染比较严重，狭窄就形成了瘢痕增厚，通过保守治疗是无法完全愈合的。
还有一小部分患者因为过早地进食过硬或不当的食物，加重吻合口的负担，使其发生狭窄，这类人群通常需要在内镜下，通过球囊扩张把狭窄的吻合口撑开，才能得到有效的治疗，甚至瘢痕非常严重，要通过再次手术切除瘢痕来治疗狭窄的问题。
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