克罗恩病合并肛瘘手术好不好，现在也还是存在一定争议的。具体分析如下：
1、好：手术治疗可以切除肛瘘的病变组织，来减轻肛瘘引起的肛周疼痛、瘙痒、溢脓等症状，来提高患者的生活质量。而且对于活动期合并肛瘘的患者，手术可以去除局部的感染灶，有助于缓解病情。同时，如果不及时治疗肛瘘，有些患者可能出现肛瘘复杂化、小脓肿形成、感染扩散等并发症。通过手术可以减少这些并发症的发生。
2、不好：手术针对于克罗恩病的患者也有一定复发的风险。这是因为克罗恩病属于免疫系统疾病，相对来说比普通肛瘘患者的复发概率要更高一些。同时，手术后出血、感染、伤口愈合不良的风险性也比其他普通肛瘘患者要更高一些。所以，手术后需要经过长期、长时间的护理和康复，包括伤口坚持换药、坐浴、饮食调整等。
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