目前来说，菌群移植在治疗克罗恩病方面仍处于研究阶段，它的疗效没有得到充分的证实。
有一系列研究表明，菌群移植可能对克罗恩病有一定的治疗作用。但是菌群移植也存在一些的风险和限制，主要分为以下几个方面：
1、对于它的疗效的不确定性：有些患者可能经过菌群移植之后，他的反应比较良好；但是有一部分患者可能出现效果不太明显的情况。
2、安全性问题：因为粪菌移植是从粪便里提取菌来进行治疗，所以粪便的来源还是有一定的感染风险。
3、长期的效果和安全性。
以上风险都需要长期的研究来进行评估。
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