功能性便秘和器质性便秘的区别是：
器质性便秘是肠道有器质性的病变结构，比如结肠癌、直肠癌由于肿瘤逐渐增大，会导致肠腔进行性狭窄，出现便秘的症状，而且这个症状会进行性加重。另外，部分手术患者由于肠道、腹腔内出现粘连，腹腔有不全性粘连，不一定会表现为肠梗阻，但是会表现为排便障碍，也会引起便秘这种类似的症状。
功能性便秘分为慢传输型便秘、出口梗阻型便秘以及混合型便秘，这类患者通常是由于肠道本身的蠕动障碍，或盆底肌肉收缩不协调导致的便秘。
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