甲状腺癌的靶向治疗副作用，跟其他恶性肿瘤靶向治疗的副作用相同。
因为靶向治疗主要是针对基因位点的突变或异位的位点进行治疗、抑制，目前针对的是血管内皮生长因子、RET基因、BRAF V600以及RES基因等，跟甲状腺基因突变密切相关的基因。
但是基因治疗有共同的副作用，比如免疫反应、肝肾功能反应甚至间质性肺炎等副作用。
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