大部分的肺栓塞是由于深静脉血栓脱落形成的。
深静脉尤其是下肢静脉血栓发生脱落，血液被血流推动到肺动脉，引起肺动脉的梗阻、阻塞，从而形成肺栓塞。
栓子不一定全部来自于下肢，也可能来自右心、下腔静脉、盆腔静脉或肾静脉、上肢静脉。而且引起肺栓塞的栓子不一定都是血栓，如肿瘤病人发生肺栓塞，除考虑血栓所致外，还要警惕是否存在肿瘤细胞栓子的可能。
如肥胖的病人做抽脂手术，如果突然出现呼吸困难，要警惕脂肪栓塞的可能。脓毒症患者，尤其是感染性心内膜炎的患者，如果发生肺栓塞，要考虑可能是细菌栓子导致。产妇突发肺栓塞要警惕羊水栓塞的可能，还有其他如空气栓塞。
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