重症肺炎影响全身最主要的原因是炎症风暴，即细胞因子风暴。
人体感染病原体后，本身是肿瘤或一些自身免疫性的疾病，短时间内导致机体大量分泌细胞因子，造成危及生命的全身炎症性综合征。
正常状态下，肺部发生感染时，机体的免疫系统会被激活，产生很多的细胞因子，细胞因子动员免疫细胞清除入侵呼吸道的病原体。这种正向的反馈通路，一般是受到免疫系统的精细调控，它不会造成全身性的损伤。
但一旦免疫系统的调控机制失控，就会造成机体免疫功能的紊乱，过度地分泌大量的细胞因子造成炎症风暴，反过来加重固有免疫功能的紊乱，导致适应性免疫细胞的耗竭，出现血小板的过度活化，凝血功能紊乱，内皮细胞紧密连接的丧失，血管通透性的增加。
当机体持续受到炎症风暴的打击，可能会造成全身多个器官的功能衰竭，甚至死亡。
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