心脏瓣膜修复术的弊端，主要是手术成功率的问题。
心脏瓣膜修复术的初衷是保留患者自身的瓣膜，因为人工瓣膜置换尤其是机械瓣膜置换后抗凝的并发症，一般把它形容成工艺性的手术。
手术对医生的临床判断，对手术的精细程度要求相当高。有时会出现手术的效果不理想，以及本身瓣膜疾病的基础诱因没有解除的情况。虽然当时修复得很好，但很快瓣膜的病变会再次复发。
因此，做手术前要充分权衡利弊，如果患者医疗条件不好，建议直接换瓣，后期的成本会更低。
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