肺栓塞抗凝治疗中可以做手术，但只限于急诊手术或腺肌手术。因为抗凝治疗过程中，凝血机制有明显障碍，手术出血风险会明显增加。
此外，手术中还会存在呼吸功能障碍等一系列问题。所以，原则上除近期威胁生命的手术外，尽量避免抗凝治疗中做手术。
如果抗凝治疗过程中必须手术，可以用替代的方法，如替换短效的抗凝药物，或用其它的ECMO方法支持治疗。
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