肝癌主要的发病机理是病毒或外界因素，导致肝脏细胞发生异形增生，从而逐渐进展成肝癌。肝癌主要的发病人群是有肝脏基础疾病的患者。在我国，乙型病毒性肝炎是肝癌患者发病的基础。但是在欧美国家，丙型病毒性肝炎、酒精肝或脂肪肝是肝癌发病基础。
肝癌有两种情况，一种是肝细胞变异，一种是肝内胆管细胞变异，还有极个别患者是肝细胞和肝内胆管都发生了变异，这种就是混合细胞癌。在临床工作中，80%-90%的患者是肝细胞癌，所以临床中的肝癌通常指的是肝细胞癌。
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