多发性肝囊肿的危害，首先看肝囊肿的个数和大小。患者最大的危害是，如果囊肿占据肝脏的大部分体积，有效肝细胞会减少，最终的结果是导致肝功能衰竭，患者最后的治疗措施是肝移植。
部分患者多发性肝囊肿个数是可数的，如5-6个或7-8个且体积较小，只要患者囊肿不进展，即囊肿的个数不增多，体积不变大，终身可能没有任何不适或需要手术干预。
但如果随着时间的推移，体积变得很大，建议做手术治疗。手术治疗的指针，一般是囊肿的体积要大于5厘米以上，才有明确的外科手术指针。
但如果囊肿的数量不可数，即很小的囊肿如果数量多到医学上不可计数的肝囊肿，大部分患者是没有可效的药物治疗，手术也不建议进行积极的干预，一般要密切的临床随访。
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