如果肝囊肿的体积不大，即5厘米以下，肝囊肿不需要特殊的外科治疗，但是需要临床的密切随访。
如果只是单纯的3-4个或4-5个，其实也是多发性的肝囊肿，建议每半年或每年做彩超或上腹部CT，来评估肝囊肿的数量和大小的变化。
如果大小变化非常迅速或体积已经很大，如大于5厘米以上且是多发的，且大于5厘米的肝囊肿个数还比较多，建议手术治疗。但是手术治疗也只是处理大的肝囊肿，如果囊肿很小，比如1厘米或2厘米的囊肿，也是不需要处理。
但如果肝囊肿数量极多，如常见的肝囊肿的很多病是先天性起病，后天性表现，最多的肝囊肿可能是肝脏的很多位置几乎都遍布小囊肿的情况，目前的治疗是非常困难，而且药物和手术的局限性非常大，患者最后可能需要做肝移植。
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