直肠粘膜腺体高级别上皮内瘤变伴局灶癌变，表明直肠已经出现癌变，需尽早治疗。
直肠粘膜腺体高级别上皮内瘤变是指结构、细胞学异常，扩展到上皮上半部或全层，相当于重度异型增生，大多属于癌前病变。若伴局灶癌变，表明部分组织已经发生癌变，可能是原位癌。若有手术指征应尽快手术，如在肠镜下做粘膜切除术，或进行腹会阴联合直肠癌根治术、经腹直肠癌切除术等手术治疗，预后效果较好，90%的患者能临床治愈。若患者体质差或存在手术禁忌症，可选择局部放疗或全身化疗等，杀死癌细胞，以延长生存期。
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