病因和病机的内容不同，分类不同，基础理论不同。
1、内容不同：病机的内容包括疾病发生，发展，变化及结局。病机是发病的机理，是因什么导致什么样的变化，再导致什么的变化一系列过程；病因的内容包括致病因素和条件，病因是导致发病的原因。
2、分类不同：病机分为阴阳失调和邪正盛衰两个方面；病因根据“三因”学说可分为内因，外因和不内外因。
3、基础理论不同：病机的基础理论包括阴阳五行，气血津液，藏象，经络，病因和发病等。病因的基础理论包括单病因说，多病因说，充分病因和必需病因。
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