住院进行小肠镜检查一般是可以报销的。但报销需要准备相关材料，另外具体报销比例取决于参加的医保类型。
首先，根据国家有关政策规定，参加基本医疗保险的人群，在医院进行小肠镜检查的费用是可以报销的。但要满足一定条件，比如需要出具合格的医保证明、医生的开具的诊断证明、手术记录等，才能得到报销。
另外，医保分为城镇职工医保、城乡居民医保和新农合等类型，不同类型的医保对于住院小肠镜检查的报销政策也有所不同。一般来说，城镇职工医保的报销比例和限额较高，城乡居民医保和新农合相对较低。
因此，在接受小肠镜检查之前，患者需要咨询医生和医保相关部门，了解具体的报销政策和要求。
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