巧克力囊肿是良性疾病，但有恶变的可能。
巧克力囊肿由于子宫内膜异位症引起的。在正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称巧克力囊肿。
巧克力囊肿虽然是良性病变，但也有恶变的可能。其恶变的高危因素包括年龄大于45岁、绝经后囊肿持续存在、绝经后囊肿体积增大、绝经后出现卵巢上皮性肿瘤标志物CA125升高、超声检查提示囊实性、囊壁不均匀增厚、囊内血流丰富等。
因此，巧克力囊肿患者需要定期进行妇科超声、肿瘤标志物CA125等检查，以早期发现恶变。
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