对于已经发现有3个月的双肾结石，首先建议进行全面确诊，并及早进行治疗。常见的确诊方法有尿液分析、尿路造影、B超、CT等。这些检查可以帮助医生明确结石的位置、大小以及形态。
治疗双肾结石的方法有很多，具体治疗方案应根据结石的大小、位置以及患者的年龄、身体状况等因素进行选择。常见的治疗方法包括：
1. 药物治疗：适用于结石较小、位置不特别复杂的患者。例如使用利尿剂帮助尽快将结石排出体外。
2. 病因治疗：如果结石的形成与某些病因有关，首先要针对病因进行治疗，如控制尿酸盐摄入量、纠正代谢异常等。
3. 快速石碎术：适用于较大的结石，采用超声碎石、激光碎石等方法将结石分解成小颗粒，然后尽快排出体外。
4. 手术治疗：对于特别复杂的结石或者上述方法无法达到治愈效果的患者，可以考虑手术切除结石。
此外，患者在日常生活中也应该增加饮水量，适当进行运动，增加体内的新陈代谢，减少含有草酸钙、草酸盐、尿酸等物质的食物摄入，避免减少结石的形成。另外还需要定期进行尿液检查，了解自己尿液中各种物质的含量以及具体的排除情况。
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