角膜移植手术后眼睛磨着疼可能是以下原因导致的：
1、手术切口未完全愈合：角膜移植手术后需要一定的时间来愈合切口。如果手术切口未完全愈合，可以导致刺激物进入眼睛引起不适和疼痛感。
2、眼睛干燥：角膜移植手术后，术后眼睛常常会感到干燥。干燥的环境、长时间使用电子设备或者长时间注视某个物体也会导致眼睛磨着疼。
3、角膜排斥反应：角膜移植手术后，身体可能会对异体角膜产生排斥反应。这种反应可能导致眼睛肿胀、视力下降、眼睛痛等症状。
4、感染：手术后，当角膜切口或伤口没有得到很好的消毒和清洁，细菌可以进入眼睛引起感染。感染可能导致眼睛疼痛和不适感。
如果在进行角膜移植手术后，出现眼睛磨着疼或其他不适症状，建议及时就诊眼科医生进行详细检查和治疗。
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