扁桃体在体内有两个位置，即扁桃体颌下淋巴组织和扁桃体腭淋巴组织。
扁桃体颌下淋巴组织位于颌下腺的后部。它们位于颌下腺、箭喉骨、下颌骨和舌骨之间的凹陷区域。颌下腺主要位于下颌骨内部，它们的分泌管道穿过颊黏膜通向口腔内。扁桃体颌下淋巴组织是一对具有免疫功能的器官，主要通过淋巴细胞参与免疫反应，阻止细菌和病毒侵入。
扁桃体腭淋巴组织位于其名字所指的结构——腭的后部。它们位于口腔的中间位置，腭后壁上方与咽后壁相连。扁桃体腭淋巴组织包括了两个扁桃体腭扁桃体。它们也是一对器官，与颌下淋巴组织相似地起到免疫功能。扁桃体腭淋巴组织在咽喉的后部形成肿胀时，易在咽喉后部产生局部压力，导致嗓音沙哑、不适以及吞咽不便等症状。
扁桃体颌下淋巴组织和扁桃体腭淋巴组织一起构成了人体淋巴系统的一部分。它们与其他淋巴组织和器官，如脾脏和淋巴结等一起，形成免疫系统，起到筛选和清除体内有害物质的作用。当人体受到感染时，扁桃体通过释放淋巴细胞和抗体来抵抗感染。
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