扁桃体肿大的病因可以分为感染性和非感染性两类。
感染性病因是导致扁桃体肿大的最常见原因，包括细菌和病毒感染。细菌感染常见的有链球菌感染，如链球菌咽炎，这种情况下扁桃体会发炎并肿大。病毒感染如腺病毒、流感病毒和单核细胞增多症病毒等也可导致扁桃体肿大。
非感染性病因是指扁桃体肿大与感染无关的情况。其中最常见的是扁桃体结石，也称为扁桃体石，是因扁桃体的深沟中的细菌和食物残渣聚集形成的硬块。此外，鼻咽部炎症，如鼻窦炎、过敏性鼻炎也可导致扁桃体肿大。免疫性疾病如风湿性关节炎和类风湿性关节炎等也可引起扁桃体肿大。
还有一些少见的病因导致扁桃体肿大，如变态反应和过敏反应，如药物过敏、食物过敏等。肿瘤也是扁桃体肿大的罕见病因，如恶性淋巴瘤。
扁桃体肿大的病因多种多样，因此在明确诊断和治疗之前，需要进行细致的病史询问、体格检查和相关辅助检查，如咽拭子培养、病毒学检测、血液检查、淋巴结穿刺活检等，从而确定导致扁桃体肿大的具体病因，以便选择正确的治疗方法。对于感染性病因，常规的抗生素治疗通常能够缓解症状；而对于非感染性病因，首先需要处理引起肿大的基础疾病，如控制过敏、治疗炎症。对于一些严重肿大甚至影响呼吸和吞咽的扁桃体，可能需要手术治疗，如扁桃体切除术。
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