虫牙掉了只剩牙根很臭的情况可能是由于以下原因造成的：
1.长期未治疗：当虫牙病情恶化，没有及时得到治疗时，可能会导致牙齿的组织损坏到达牙根部分，从而导致虫牙脱落，只留下牙根。长期未治疗的虫牙通常会伴随有菌斑的形成，会产生臭味。
2.牙周炎：虫牙长期存在，可能会导致严重的牙周炎，即牙齿周围组织的炎症。牙周炎会导致牙齿固定于牙槽骨中的纤维根膜受损，引起牙齿松动，并最终脱落。同时，牙周炎也会产生口腔异味。
3.侵袭性龋：虫牙菌长时间侵袭牙齿，可能引起侵袭性龋。侵袭性龋是一种较为严重的龋齿疾病，通常进展迅速并深入牙齿组织。当侵袭性龋达到牙齿根部时，可能导致牙齿脱落。
4.根尖周炎：当虫牙深入牙髓腔并导致髓腔炎症时，可能会引发根尖周炎。根尖周炎是一种根尖周组织的慢性感染性疾病，会导致牙齿根部的骨质破坏，从而引起牙齿脱落，同时也会使口腔散发出臭味。
同时，为了防止虫牙再次发生，建议加强口腔卫生，坚持刷牙、使用牙线、定期口腔检查和清洁。 此外，饮食要注意减少糖分摄入，避免过度进食酸性食物和饮料。
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