睡觉醒来眼睛疼的原因包括生理性因素和病理性因素，其中常见的病理性因素有麦粒肿、结膜炎等。
一、生理性因素
如果睡觉时间过短，或者睡觉前长时间近距离用眼过度，均会影响眼表泪膜的稳定性，并且使眼睛长时间处于紧张和疲劳的状态，所以患者会感觉到眼睛疼痛、干涩以及酸胀等。
二、病理性因素
1、麦粒肿：多见于金黄色葡萄球菌感染，如果患者平时不注意眼睑的卫生清洁或者伴有眼部炎症等，均会诱发麦粒肿。麦粒肿典型的症状为睑缘部红肿、疼痛、发热等。
2、结膜炎：与多种因素有关，比如病原微生物感染、经常佩戴隐形眼镜以及免疫力低下等，如果睡觉醒来发现眼睛分泌物增多，同时伴有畏光、流泪以及眼部烧灼痛等症状，则需考虑是结膜炎。
此外，也可能青光眼、角膜炎等有关，具体的发病原因还应到医院查明。
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